王忠这被宋帝昺抓走，一走就是三年，可把明教坑苦了！
首先白莲教教主韩山童第二年就找上门来，他不仅内伤痊愈，还武功大成，距离“真武”只有一步之遥，前来明教的目的也很简单，就是要找王忠报仇，并且夺回“万象真藏”。
明教群龙无首，哪里挡得住韩山童，武功最强的日阳君与韩山童一战，不过五十招就败下阵来，后来朱元璋代师出战，可惜与韩山童武功相差太大，很快也败下阵来。
韩山童并未下死手，白莲教和明教都是反元主力，韩山童颇有大局观，加上上次王忠也放了他一马，所以这次韩山童只带走“万象真藏”，并未为难明教之人。
给韩山童闹了这一次，明教在江湖上的威望大损，并且王忠失踪的消息再也瞒不住！
不过朱元璋敢独自面对韩山童，倒是在明教之内收获一大波好感，渐渐崭露头角。
按照明教的教规，王忠这个教主不在，以朱元璋这个“先天日王”和巧巧的“后天月王”地位最高！
可惜白衣世尊恋栈权位，不相信儿子就此消失，一心等他回来主持大局。
朱元璋和巧巧都是王忠的徒弟，也相信他会回来，主动放弃大权，让白衣世尊继续掌控明教。
不过月宗的黑冠摩尼可不服白衣世尊的管束，有意再次分裂明教，可是被日阳君已绝对的实力所阻止，加上日月两宗合并之后，明教实力壮大多倍，明眼人都不希望明教再次分裂。
就连黑冠摩尼的徒弟寒月武和月影姬都不愿分裂明教，公开支持白衣世尊暂代教主之位，明教这才稳定下来。
可就在这时，蒙古十三翼入关，第一时间就找上明教，当然也是王忠之前惹下的孽债。
日阳君，朱元璋，巧巧，寒月武，白衣世尊，黑冠摩尼等人，在十三翼这个外在威胁下，不得不放下成见，一致对外。
明教与十三翼一场大战，互有胜负，谁也没讨到便宜。
在这一战中，朱元璋和巧巧这对日月双王，飞速成长，渐渐开始独当一面，力挡十三翼中的合撒儿。
至于最强的铁木真，自然由日阳君对抗，双方大战，差点把明教总坛拆了，日阳君拼死护教，死战不退，渐渐压下铁木真的“苍狼歼霸拳”！
可惜十三翼这次有备而来，为了对付明教倾巢而出，眼看明教众多高手就要不敌之时，韩山童率领“白莲教”支援，打跑十三翼。
至此之后，两教放下成见，通力合作反元，以韩山童的白莲教为主，明教为辅，共同开展反元大业。
正巧此时黄河决堤，造成中原颗粒无收，朝廷派遣丞相脱脱治理黄河，却成了压垮大元的最后一根稻草。
脱脱这个大元丞相本是一个好官，也有心治理好黄河之患，为百姓谋福祉，可惜好心办了坏事。