永历二年，清顺至五年，公元1648年八月，清镶白旗主固山额真何洛会，领着镶红旗固山额真叶臣，梅勒额真珠玛喇等八旗将校杀死明守将唐文耀，攻克庐陵后，一路南下继续攻打赣州。
赣州守将李成栋带领数万军民日夜坚守，终于守住了赣州城，清军统帅何洛会中红夷大炮死在城下，清军退却到了庐陵一带。
此时明朝行都肇庆城内，王皇后临盆生了皇子。
十月，广东分水关总兵焦琏带着降将陈豹，携数万水路大军攻入福建，并成功策动郑成功水路配合大军攻打福州城。
永历三年，三月，福州被攻克，清军闽浙总督陈锦，福建提督赵国祚被俘杀，福建各府县纷纷呼应反清复明，不到一月，福建光复。
永历四年，四月初，永历皇帝朱由榔亲统五万大军北上湖广，在长沙击败清军统帅勒柯浑，并三顺王部。
同时策动驻扎在湖北的吴三桂反正，经过一番密议，吴三桂率领所部三万大军反正归明，不到一月湖广光复。
永历四年七月，朱由榔亲统十万大军由长江直入江西，与清军八旗统帅征南大将军谭泰战于九江，南昌城下，清军退却至南直隶，南昌城内的金声桓部，九江城内的王得仁部成功获救。
同时赣州城内的李成栋部北上赣江，在南昌城内与大军汇合。
一月之后，朱由榔亲统二十五万大军与清军满蒙八旗主力战于长江安庆城下，以两万士兵阵亡的代价夺取了安庆城。
清军八旗主力损失亦有两万余人。
谭泰屡次战败被满清摄政王多尔衮撤职，并将满蒙八旗主力撤回至长江北岸。同时授命总督江南大学士洪承畴为统帅，负责守卫南直隶。
洪承畴独木难支，在钱谦益的牵线联络下，再度投降大明，朱由榔携带二十万大军与福建焦琏，郑成功部五万水路大军齐入南京，收复金陵，至此南方七省宣告光复。
朱由榔在南方大力整顿吏制，开海贸易，赚得上千万军饷，国库粮食充裕。
永历七年，永历帝命焦琏为征虏大将军、吴继嗣、郑成功、张煌言为副将军，率军三十万，北进中原。
北伐中发布《谕中原檄》，文告中提出“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”的纲领，以此感召北方人民起来反清复明。
大军先取山东，撤除清军的屏障后，又进兵河南，切断它的羽翼，夺取潼关，占据清军的门槛，然后进兵北京，这时清军势孤援绝，双方在中原地带展开了一场大决战，清军统帅多铎阵亡，副帅阿济格被俘。十五万满蒙八旗大军加绿营死伤过半，余者狼狈而逃。
满清摄政王多尔衮见大势已去，携带皇族与剩余的数万大军北上逃窜至关外，明军顺利收复北京，不到三月光复北方各省。