就在朱由榔厉兵秣马，全力整编磨合水师的同时，清远城攻防战已经轰轰烈烈的打了近一月，刚入城时，岭南三忠在江口设置木栅预备着李成栋的攻击，义民首领之一霍师连则率舟师堵截正在向清远推进的李成栋部。
岭南三忠原本认为清军不善水战，所以水师几乎全部出战，力求在北江上直接将清军打退，但这一次三忠失算了，他们遇到了水战专家施福，施福部五千水兵曾是郑芝龙手中号称大明最为精锐的水师。
明军义师不论是装备还是战斗技巧都差了施福部水师一筹，外加轻敌，以致最后大败，水师统领霍师连战死，三四千水师部队几乎全军覆没。
江口一战使得义军水师大败亏输，施福指挥水兵将江口木栅一举烧光，然后顺利抵达了清远城下，水师战败，岭南三忠收集残部，退入城中固守，几之后，李成栋亲自带领陆师副将张月、马宝等包围清远，面对来势凶猛的清军，岭南三忠以陈邦彦为首，充分发挥了模范带头作用，全身披甲，手执刀剑立在城头，始终坚持在战斗的第一线，昼夜登城防守，亲自坐镇督战并组织每一轮的攻势。使得清军每次冲锋都会带来不的伤亡。
义勇是无饷无粮的，都是为了抗虏自愿从军的义民百姓，不过军队战力的维持离不开粮食，义军人数一两万，几乎全靠募捐或者义民自带粮食，军中十分缺粮，陈邦彦、张家玉、陈子壮等义军首领自起兵后，每日只吃一顿饭，夜不安枕，与将士同甘共苦，在清军围城期间，为弥补守城兵力的不足，清远城内十五岁以上、六十岁以下的汉儿，全部编入守城部队郑在陈邦彦的命令下，太原城内所有的房屋墙壁全部打通，便于义军在城中的调动，因为缺粮缺水，城内无论军民，都实行严格的粮食和饮水配给。全城军民万众一心，同仇敌忾，誓与鞑子抗争到底。所以清兵攻势虽猛，清远城头的‘明’字方样牙旗却一直屹立着。
李成栋麾下老卒都是关中大汉，人人披甲，善打硬仗、狠仗而着称。不过就是如此强悍的军队，在他奋力指挥攻打下竟一连强攻了八也没能攻入城内，明军大部分船只虽然被烧毁了，城外的几处炮台也被己方占领，但那可恶的清远城门就是打不进去。
其炮火不可谓不猛烈，不过城中的义军也不是吃干饭的，清远城楼是用砖木筑成，一旦被清军的火炮击中，就会发生局部崩塌，义军开始时，每当城楼受损后就立即加以修复，后来，一名义民建议陈邦彦用城中居民的棉被和装满糟糠的麻袋一层层地铺到敌楼上，当清军的炮弹打在这些麻袋上时，冲击力可以明显减轻。陈邦彦令守军试之，效果极好，这样一来，就大大减轻了清军火炮的攻击力。
火炮奈何不得清远城墙，李成栋又想了别的办法，比如将原来的攻城木楼作了改进，将其加到略高于清远的城墙，利用车轮直接运送到城下，这样一来，清兵就可以直接沿着木楼上城。然而，义军用火油直接泼下，再从城头丢下火把，将清军这些攻城木楼烧毁。