果不出蒋方震所料，随后王茂如向国务总理唐绍仪提出对国防部进行进一步的改革，取消国防军司令这个带有战争性质和军阀性质的单位，他将辞去国防军司令一职，仅仅担任国防总长一职，而国防军副司令蒋方震和张作霖则担任国防次长，与萨镇冰一起分担国防部重任。
三个次长倒是不多，日本陆军一直以来都是陆军大臣和四个次长并存来管理陆军部，日本海军同样也如此，中国只是三个次长，倒是不多。唐绍仪在稍作考虑之后同意了王茂如的建议，王茂如将蒋方震和张作霖叫来对他们进行思想工作。不过不管是蒋方震还是张作霖都知道王茂如的野心和计划，对他在离任之前的人事安排都没有抗拒，毕竟在王茂如离开军部之前违逆的话，不是撤职那么简单的了。
发生何如飞和李德林的事件之后，再也没有人对王茂如的军令有任何违抗的意志，大家还要命啊。且不说王茂如自己不在意别人的反对意见，便是给下面的政敌主抓到把柄，在军事会议上进行弹劾倒也受到联名抨击啊。
随后王茂如将国防部部分高级将领军职任命向国务院递交备份，国防部内部人员权力架构基本稳定下来了。以王茂如为总长，萨镇冰、张作霖和蒋方震三人为辅的国防部管理模式暂时成立。接下来王茂如准备开始对整个国防部进行调整，具体整顿就是将宪兵总部并入参谋总部，取缔近卫总部这个具有个人崇拜色彩的部门，但是这两个计划都比较庞大，需要各部门联合讨论决定。
近卫总部是谁的近卫呢？毫无疑问是王茂如的近卫。可是王茂如去掉军职之后，近卫总部怎么办？军职的近卫总部就比较尴尬了，所以王茂如着手对近卫总部进行安置。近卫总部是国防部中人员最少权力却颇为重要的一个部门，尤其是缉侦司更是权力特殊，在缉侦司行动的时候军情司警察部分都必须配合。
王茂如与三个国防次长和各部门老总商议之后。认为宪兵总部进行裁撤还是有必要的，尤其是减少了部门重叠和权力分配不明。于是在研讨三天之后，国防部决定宪兵总部和参谋总部进行合并，宪兵总长何安定担任参谋总部次长，并主管参谋总部宪兵司，宪兵司司长由原云锁住担任。其他宪兵部门的职务均降一级但军衔和待遇未变。合并后，参谋总长依旧是吴佩孚，参谋次长为任元星与何安定。
近卫总部与安全总部进行合并，合并后的安全总长由盖天久担任，刘湘与罗浩担任安全次长。缉侦司逐步与中情司进行合并，并且王茂如有意识地将情报特务机关从军部迁出。成了国家安全部门，独立于军方的军事情报机构军情司。
军务总部的职能也进行了部分调整，原参谋总部军官司被调整到了军务总部，以后对于军官的考核任命，人员的安排安置，全部由军务总部来承担。拥有人事权的军务总部，比起当初何如飞治下。权力更加大了。
后勤总部基本上维持了原本的部门和构成，不过还是增加了后勤守备部队的编制，增加了两万非战斗后勤保障人员的名额。