此时远在北京的段祺瑞倒是陷入了麻烦之中，他是有心整治王茂如，然而无力北上，因为民国消停了一阵的党争再一次响起了，不出意外，还是民党率先发难。民党是不管你东北如何如何打，咱们争的就是中央，至于地方，无暇也无能为力，但是中央大义，咱们得争一争，而这个源头关于就是《临时约法》是否恢复。
段祺瑞在王茂如的协助之下，赶走了张勋，当上了民国大总理，而后迫使王茂如负气率兵离开北京返回黑龙江省。皖系自己组建军队，实力大涨，自然也气焰嚣张起来。段祺瑞对于国会怨念极深，黎元洪将他免职就出于国会的挑唆，因此政府一重组，段祺瑞对于恢复国会就一直爱搭不惜理。
他不爱搭理，有人爱搭理啊，1917年7月17日，孙中山率舰队由上海出发，奔赴广州，同时电邀国会议员南下组成非常国会。1917年8月1日，国会非常会议在广州开幕，选举孙中山为海陆军大元帅，陆荣廷、唐继尧为元帅。而与此同时，王茂如在哈尔滨发动第二次收复中东铁路战争。当孙中山发表临时大总统就职演说的时候，王茂如的军队长驱直入，进入哈尔滨与红俄白俄发生战斗。
段祺瑞此时才意识到国会这东西固然不重要，但是不可不要，于是连忙召集国会议员重组过会，但是国会议员不足，段祺瑞只好自己补充议员重建国会。由于新的国会议员多为安徽与福建两省支持皖系势力，俗称安福系国会。民国出现两个政权并立，严重影响了国内的安定，而两个政权自然是不可能共存的。即使美国南北政府对立最终也是依靠站增进行统一，更何况自古就有大一统思想的中国。不管是段祺瑞政府还是孙中山的临时政府，都想着尽快消灭对手。
虽然王茂如与俄国冲突，但他毕竟是支持中央政府。并没有干涉或者想要越权，因此在王茂如发表黑龙江省将继续坚持以段祺瑞为核心的中央领导宣言之后，段祺瑞对东北发生的冲突视而不见。整个政府都成了哑巴。出于某种目的，南方临时政府也并未对哈尔滨之战有任何意见和建议，国家两个政府。但是两个政府居然对一个地方武装与发生的武装冲突视而未见，可真是民国一大景观了，段祺瑞也不嚷嚷着让王茂如出兵欧洲了。
南北对哈尔滨之战不再发表言论，但是不代表南北达成一致，该打的还得打。为了标榜自己才是唯一合法政府，孙中山于是在就任临时大总统的第二天，发起了维护《临时约法》的护法战争，史称南北之战――当然，跟美国的南北战争没得比的。首先这南北之战虽然是两大势力交战，但是这两大势力之外。还有其他不弱于他们的地方势力，都在观望着。8月2日，海军总长程璧光和海军第一舰队司令林葆怿率舰队从吴淞到广州，并发表‘拥护约法，恢复国会‘的宣言。正式发动护法战争。
虽然护法战争是孙中山挑起来的，但是真正打仗的倒不是孙中山，而是桂系陆荣廷和滇系唐继尧，但是呢，陆荣廷和唐继尧又是谁会不容，见面吹胡子瞪眼的。这唐继尧的出身和陆荣廷的出身相差太大。陆荣廷土匪胡子出身，学没上过几天，纯粹靠着一棒子兄弟拼杀到现在。而唐继尧是秀才出身，日本士官毕业，而后辅佐“南蔡锷”最终接了蔡锷的衣钵成为滇系老大。因此唐继尧看不起陆荣廷，而陆荣廷也看不起唐继尧这个“千年老二”，蔡锷死了，你尊孙中山为老大――还是老二。