六一六运动起初对政府冲击很小，学生们提出口号是“还我主权，抵制日货”然而在有心人的带动之下，口号又变成了“外争主权，内惩国贼”，不过这个口号没有响彻几天，又变成了“外争主权，内除国贼。”很显然，第一个口号仅仅是对抵制日货的继续发酵，而第二个口号则变成了针对某些主政党的攻击，第三种口号不单单是针对主政党，还要驱逐北洋政府中的主政党。这并不是王茂如的授意，皖系把持中央，除了王茂如之外还有很多人很多势力希望染指中央。
从东北五省传来的口号“中国梦，强国梦”最终代替前三个口号，成为新的六一六宣传口号。王茂如与段祺瑞短暂电报，表示报纸宣传一定要到位，将新口号代替原来激进口号，否则引发中日争端北洋政府将陷入麻烦，也算是另一种支持北洋政府。
但段祺瑞却对王茂如的好意不领情，并以为他想要借用民意为自己争取民心，便斥责道：“民众之口，悠悠如泰山，安敢压制民意？须知水能载舟亦能覆舟，中华之民主便先由民意开始。”
王茂如对段祺瑞这种榆木脑袋思想很是郁闷，心说那就走着瞧吧。
果真，段祺瑞对民众的怨念不敢加以制止，但是却对王茂如反而攻击起来。而因为要支持整个皖系大家大业，皖系不得不派曹汝霖继续向日本借款并与日本签订借款协议。此时的日本首相已经由寺内正毅变成了原敬首相，作为外交官出身的原敬并不希望日本陷入战争泥潭。同样因为日本出兵西伯利亚一事，他深感自己的政府受日本军部影响太大。
原敬要求段祺瑞平息国内反日情绪的同时，为了向美国英国法国表明日本只注重利益，并会与欧美争夺，并不想争霸天下抢夺英美法的霸主地位，于是日本政府决定作出让步，将军队从山东全境撤退到青岛一处。
这也是作为向段祺瑞北洋政府借款的交换条件之一，日本军队撤军但是商业利益增加，段祺瑞和钱能训总理认为可行，尽管徐世昌总统不满意。但已经被架空了权力的他的话也没有人听了――国会批准了总理的提案，总统是没有权利解散议会的。中日双方交换了关于山东问题的换文，其主要内容为：1、胶济铁路沿线之日本**队，除济南留一部队外，全部均调集于青岛。2、关于胶济铁路沿线的警备：日军撤走，由日本人指挥的巡警队代替。3、胶济铁路将由中日两国合办经营。
该置换条文一出现便被敏感的记者给予曝光，国人认为该条文是一条耻辱，作为战胜国居然将铁路交给外**队，实乃对中国之侮辱。于是。六月二十二日，北京学生罢课游行示威。有冲动的学生在报纸的有心引导之下，学生们年轻冲动不计后果公然防火焚烧了交通总长曹汝霖的家。
事后段祺瑞下令逮捕闹事学生，这引发了更大规模的抗议浪潮，此浪潮已经从单纯的还我主权演变为内部矛盾之争，尤其是各军阀对中央政府在此与日本人谈判时刻与日本人达成协议，就连远在法国巴黎的外交总长陆徵祥也批评政府，批评段祺瑞是拉后腿不干好事的人。