此时浙江都督杨善德因病去世，浙江乃是皖系要地，段祺瑞思虑再三还是决定升任原淞沪护军使卢永祥担任浙江都督。尽管皖系北伐之战的时候卢永祥扯了后腿，仅仅派了一个杂牌部队北上支援，不过除了卢永祥皖系也没有大将能够镇得住浙江。
而上海原本就应该是江苏的一个最富裕的州县，当初是袁世凯为了打压冯国璋坚持单独设立淞沪护军使，此时江苏都督李纯提出将上海收回江苏。直系想要上海，皖系更不想放弃上海，于是直皖利益矛盾再度爆发起来。皖系因为徐树铮的骄纵，事实上也已经四散离心的地步了，且徐树铮指挥军队对东北作战大败而归，人人愤慨均暗地里谴责段祺瑞偏心于徐树铮，并希望皖系老大哥靳云鹏担任皖系领头人。
偏偏靳云鹏此时不出山，他扬言有我没龚（龚心湛），有他没我，这让段祺瑞郁闷不已。段祺瑞更加知道靳云鹏表面上指的是龚心湛，但实际上剑指徐树铮，这更让他感到为难，遍观皖系大将也唯有徐树铮才华横溢。
龚心湛得知段祺瑞心思之后深知自己成了皖系妨碍，偏偏段祺瑞又抹不开脸，只好主动提出辞呈。龚心湛这个总理当得窝囊之极，又恰逢全国上下因为皖系政府对日态度暧昧激愤异常，各界纷纷对皖系开炮，直系大将吴佩孚更是直抒龚心湛卖国，千古骂名带入坟冢。而因为内战不断。皖系把持的中国银行交通银行不断增发钞票，致使交通银行券面额下跌，各个市民争相兑换银元，更加促使中央财政逐渐困难，各地长官更是直指财政部长兼总理龚心湛不利。龚心湛深感内困外乏，既解决不了内战问题又解决不了外交问题，加上皖系讨伐东北失败，总要有一个人承担责任，于是他不得已提出辞职下野。
段祺瑞看瞅着皖系分崩离析心急如焚，恰逢龚心湛递交辞呈。正在直皖冲突之极，分析起来让直系一步，于是接受了龚心湛的辞呈，又向总统徐世昌提议委任靳云鹏担任总理。靳云鹏尽管是是皖系老人，又是直系现在曹锟的把兄弟，还是西北军张作霖的儿女亲家，再者靳云鹏交好关外军阀王茂如，除了他外别无他人能够担此重任。靳云鹏内心早就对这个总理一职垂涎不已，得知自己被安福国会选举为新任总理。欣然宣布病愈归来。他当仁不让地当了这个总理，总算是把即将分崩离析的皖系又给拉了回来。只是靳云鹏做了总理之后。徐树铮再也不敢拿他怎样了，就连段祺瑞对他也心怀忌惮。
靳云鹏上台之后立即重新选定内阁人选，总理兼陆军总长自然是靳云鹏自己来担任了，内务总长和司法总长由安福系朱深担任，财政总长由安福系李思浩担任，外交总长由陆徵祥担任，教育总长由傅增湘继续担任，交通总长由曹汝霖继续担任（这二位在历史上因为五四运动都被迫辞职，然而受王茂如改变历史影响。五四并未爆发，六一六运动因日本主动让却山东部分领土而小胜一场，仅仅在文化界引发文化革新讨论，因此此二人得意继续留任），海军总长刘冠雄暂时留任，农商总长田文烈留任。