日本发生军事政变，绝非小事。楚天疆乘坐的航班还没到达上海，斯塔克就召开了总参谋长紧急会议。
虽然把张小刚、罗晋勇与楚天疆召了回来，还带走了楚天疆的末日战士系统，但是在谢尔盖耶夫的坚决挽留下，杨方烈没有退出总参谋长会议。按照斯塔克的承诺，他将在三天内决定是否采纳杨方烈提出的建议，即是否以违反人类宪章为由惩罚日本，因此就算杨方烈退盟，也要等上三天。
会议上，斯塔克大致介绍了情况，或者说是编造的故事。
这就是，斯塔克在杨方烈召开了闭门会议之后，私下联系了竹内觐文。
按照斯塔克给出的解释，他不想让事态扩大，所有打算先给竹内觐文打预防针，让竹内觐文知道即将发生的事情，并且转告日本首相麻生四十八，让日本当局做好移交主权的准备工作。
因为两场在日本周边举行的军事演习还没结束，九个行星防御理事会的成员国集中了百万兵力，随时可以调动数十万兵力攻占日本，所以斯塔克相信，竹内觐文与麻生四十八会理智接受总参谋长联席会议的裁决。在此之前，日本已经移交了核力量，把所有核设施置于行星防御理事会的监管之下。
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斯塔克着重强调，他已经让竹内觐文认识到了事态的严重性，而且竹内觐文也倾向于在审判日之前把主权移交给行星防御理事会。斯塔克这么说不是为了替竹内觐文正名，而是要证明他的做法没错。
问题出在日本首相麻生四十八身上。
这就是，麻生四十八拒绝交出主权，并且宣称，只要总参谋长联席会议做出裁决，日本就退出行星防御理事会，终止在所有防御项目上的合作，撤走加入行星防御理事会的工作人员。
麻生四十八的这个决定，只会使日本遭受灭顶之灾。
竹内觐文非常清楚行星防御理事会的实力，更清楚总参谋长联席会议的决心。在驻日美军配合下，九国联军能在数日内扫荡日本本土，日本的自卫力量形同虚设，将有成千上万的日本人因此遭殃。
退一步，即便九国联军没有入侵日本，日本也可能成为大灾难的幸存者。
为此，竹内觐文决定发动军事政变，逼迫麻生四十八接受裁决，在审判日之后再恢复正常秩序。
在总参谋长会议上，斯塔克拿出了一份非常重要的证据，即由竹内觐文签署的东京警备部队调动命令。
按照这份命令，由竹内觐文直接指挥的警备部队将包围首相府与主要行政机构。
问题是，由竹内觐文控制的军队十分有限，日本自卫队的绝大部分官兵根本不知道行星防御理事会的存在。
结果就是，忠于竹内觐文的军队与忠于麻生四十八的军队在东京爆发巷战。